垂花门属典制式建筑，是宫廷传统建筑中的绝活，图案为莲花倒垂，所以称垂花门。石府有三座垂花门，每座垂花门的垂柱都采用圆雕方式分别雕刻了三种莲花图案,即“含苞待放”、“花蕊吐絮”和“籽满蓬莲”。
第一座垂花门：“含苞待放”。它是三座垂花门中最讲究的一座。 民间结婚讲究门当户对，这门上的四个凸出的圆柱，便是“户对”，普通老百姓家中只有两个，三品官员有四个，二品官员有六个，一品官员有八个，户对数量越多代表家族地位越高。石元仕曾捐过一个有名无实的三品官位，因而家中有四个。“门当”则是这两块抱鼓石，抱鼓石外侧是象首，即“吉祥”，里侧是鹤鹿回春。当年仅石料就需白银五百两，两位石匠精雕细刻一年之久才完工。在垂花门的木格上还雕有四季花图案，象征走过此门，四季平安。
第二道垂花门：“花蕊吐絮”。这时门柱上的莲花已经初步绽放，门楼上方的木格中是木雕仙鹤，一共九只，相传一只仙鹤可以增 12 岁，九只就是增寿 108 岁。仙鹤背面雕的是古代的铜钱，所以从此门过就是增寿又有钱。
第三道垂花门：“籽满蓬莲”。这时扇门上的莲花已经完全绽开，并且结有莲蓬。门楼上方及垂柱两边有木雕葫芦爬蔓图案，取名“葫芦万代”，象征子孙万代繁衍不断。 在墙体下方还有三道防护层，第一层是柏木，用来吸潮，因为用桐油浸泡过，所以 140 多年来依旧没有腐烂。下面是用来防碱的青白石，中间还刻有小孔，潮气碱气由此排除，它雕刻葵花花蕊，寓意“蒸蒸日上”。
垂花门木雕展示的是莲花的三个花期，合称为“垂柱联姻”。这三组木雕：是工匠独特而巧妙的构思创意与精湛而纯熟的传统技艺的精妙结合，有序地将时间与空间完美地结合在一起，表达了石氏家人希望四季平安、一生美满、辈辈长寿及子孙万代的美好宿愿。
